Der SNF erachtet das Peer-review-Verfahren als zentralen Bestandteil der Qualitätssicherung durch die Verlage. Diese holen mindestens ein unabhängiges, externes und aussagekräftiges Gutachten in schriftlicher Form ein, das sich auf das gesamte Manuskript bezieht. Das Gutachten wird an die Autorin oder den Autor zurückgespielt. Je nach Praxis in den jeweiligen Disziplinen erfolgt die Begutachtung des Manuskripts anonym („single blind“ oder „double blind“). Die Autorin oder der Autor ist aufgefordert, das Manuskript in Absprache mit dem Verlag gemäss den Kritikpunkten im Gutachten zu überarbeiten.
Die Verlage dokumentieren das durchgeführte Peer-review-Verfahren gegenüber dem SNF, indem sie das eingeholte Gutachten sowie eine Stellungnahme dazu vorlegen, inwiefern allfällige Kritikpunkte aufgenommen wurden. Das entsprechend überarbeitete Manuskript ist ebenfalls einzureichen.
